舌咽神經痛是個相對罕見的問題，據統計發生率約為三叉神經痛的1/00。完全靠醫師的臨床的診斷，並無特定的檢查可以確定。男性的發生率高於女性。
舌咽神經是第9對腦神經，和迷走神經(第10對)及脊副神經(第11對)、內頸動靜脈同時從顱底的頸靜脈孔 (Jagular Foremen) 穿出來，緊鄰著莖突 (Styloid Process) 的內側面。負責舌後、咽喉、耳膜、頸靜脈竇的感覺，並支配吞嚥、說話相關的肌肉 (Stylophryngeus)，以及舌後1/3 的味覺。所以舌咽神經痛的症狀包如耳朵痛、舌頭痛、咽喉痛、少數會有心率不整及猝死的報告。
舌咽神經痛的型態跟三叉神經痛類似 (參考三叉神經痛)，多屬於強烈陣發性的刺痛，有誘發點或誘發動作; 例如說話、吞東西，嚴重的話會因此無法吞嚥而消瘦。發作之間可以是毫無症狀 (Classic GPN) 或是低強度持續性的疼痛 (Symptomatic GPN)。
原因很多，可以為外因性或神經本身的變化所致。外因性包括後顱窩內血管迴圈壓迫、腫瘤壓迫、莖突過長壓迫 (Eagle’s Syndrome) 等，神經本身的問題則有外傷後遺症、感染、脫鞘變化等。診斷時，醫師通常會先安排核磁共振 (MRI) 來排除腫瘤或顱底血管性的壓迫問題。
治療的方法
藥物
包括抗癲癇藥，用來穩定神經細胞膜，常用的包括Carbamazepine, Gabapentin, Pregabalin, Clonazepam …, 抗憂鬱藥物 Duloxetine, TCA, 肌肉鬆弛劑 Baclofen 等。另外非類固醇止痛藥常常沒有效果，嗎啡類止痛藥和Vit B12 則可以試試看。
舌咽神經阻斷術
藥物沒有效果時，可以先做舌咽神經阻斷術做為診斷性治療。用影像導引 (X 光或超音波) 將局部麻醉劑打在莖突後側，治療時要小心血管內注射。阻斷時有可能會產生吞嚥困難 (因為舌咽神經支配吞嚥肌肉) 或嘶啞 (迷走神經的返喉枝)，另外迷走神經若被阻斷到，會有反射性的心搏過速和高血壓。因此需有嚴格的生理監控下進行。
脈衝式射頻神經調控 (Pulse RadioFrequency, PRF)
傳統連續式射頻療法 (Continuous RF，CRF) 是利用射頻產生熱凝作用 (約82゜C)，破壞神經，達到阻斷神經痛覺的傳導。但可能會同時影響到運動功能、神經發炎反應、甚至產生新的「去傳入神經性疼痛」(Deafferentation pain, 灼熱痛、輕觸痛、感覺異常等)。 脈衝式射頻則不同，它利用短時間(20ms)、高伏特脈衝，間隔長時間的靜止期(480ms)，每秒2次，持續2-3分鐘，讓產生的熱能能夠消散，使得溫度不會高於42゜C。所以並未破壞神經，而是改變神經對痛覺的傳導。
伽碼刀放射治療
屬於立體定位電療手術、放射線集中在顱內的舌咽神經和迷走神經處，達到鈍化神經傳導的作用。
微創血管減壓手術 (MicroVascular Decompresison, MVD)
當有典型的舌咽神經痛，但是對藥物沒有效果時，且MRI看到血管迴路 (PICA loop) 在神經根附近 ，特別是只有咽喉痛的患者，可以考慮進行手術，利用墊片將神經和血管之間隔開。
