會陰痛的表現、範圍、特色已如前所述 (請參考 會陰部 >> 慢性會陰痛、會陰部的神經分布 等文章)。在臨床上會以致病的機轉做個別化治療:
神經病變痛 (Neuropathic pain)
在會陰部的神經因為受到反覆性的感染、創傷、甚至生產而被激活、壓迫，因而產生疼痛。一開始僅僅是屬於周邊性的神經痛，慢慢轉變為中樞化的現象 (central sensitization)。至此會陰部就出現了輕觸痛、感覺異常、並且會因為壓力、情緒、睡眠而變嚴重。這個過程因人而異，從數個月到數年不一定。
疼痛中樞化以後，光用止痛藥，效果都不好。這時疼痛醫師會加上SNRI 類的抗鬱劑(Venlafaxin, Duloxetin)，三環抗鬱劑 (TCA, Imipramin)，抗癲癇藥物 (Gabapetin, Pregabalin)，嗎啡類止痛藥 (Opioid)等。
當藥物效果不夠，或出現副作用時，神經阻斷術是最好的方法。例如會陰神經阻斷術 (Pudendal n block)、腸腹股溝神經阻斷術 (Ilioinguinal n block)。
會陰神經瘤 (Neuroma)
會陰神經瘤常位於生產時，會陰切開的縫合線附近，在陰道內，得由觸診及超音波診斷，如果發現神經瘤，可以行神經瘤周邊類固醇注射。
交感神經性疼痛 (Sympathetic mediated pain)
因為交感神經被過度活化，不斷傳送及放大疼痛的訊息到大腦，也是一種神經病變痛，同時有輕觸痛及感覺異常的現象。例如局部複雜性疼痛 (CRPS)，其機制仍未完全了解。如果懷疑時，可以嚐試Impar神經根阻斷 (Ganglion Impar Block)。
骨盆肌筋膜疼痛症 (Myofascial Pelvic Pain Syndrome)
骨盆底肌過度緊繃造成的疼痛，會有多處的壓痛點，有些需內診按壓才可找到。可做深壓式放鬆或骨盆肌的放鬆運動。
疤痕沾黏疼痛 (Scar adhesion)
因為開刀、外傷、生產，在會陰甚至陰道造成撕裂傷而產生疤痕，疤痕與下方的筋膜沾黏，可以做超音波導引疤痕注射 (lidocaine +-steroid)。
這些治療因個別不同，依可能的病因，選擇適合的介入方法。需要治療的次數也因人而異。
